Kurz darauf erfolgte der Umzug in die vom NABU Berlin gepachteten größeren Räume der ehemaligen LPG-Werkstatt Nauener Straße 54, der alten Dorfschmiede. Bis 2020 wurde die Storchenschmiede vom NABU Landesverband Berlin betrieben.

Um das Besucherzentrum vor der Schließung zu bewahren, gründeten 2020 Naturschützer*innen aus Linum und Berlin die „gemeinnützige GmbH Storchenschmiede“. 

Der NABU Berlin ist neben drei Privatpersonen ebenfalls Gesellschafter der Organisation und ein wichtiger Kooperationspartner. Seit 2021 führt die gGmbH die operativen Geschäfte, setzt sich weiterhin für die Förderung des Natur-, Arten- und Umweltschutzes ein und engagiert sich im Bereich der Umweltbildung von Kindern, Jugendlichen und Erwachsenen.